Universita Karlova v Praze
1. Lékařská fakulta a Všeobecná fakultní nemocnice
Ústav dědičných metabolických poruch
Přednosta: Doc. MUDr. Viktor Kožich, CSc.

Praktický kurz konfokální mikroskopie:
vícečetné fluorescenční značení, dekonvoluce,
kolokalizace, 3D rekonstrukce

(PDF verze)



Back to: 







Organizátor: MUDr. Jakub Sikora, Ph.D. (jakub.sikora@lf1.cuni.cz)
Technická podpora: Filip Linx, Ing. Filip Majer, Jana Sovová
Kurz se koná v prostorech Laboratoře mikroskopie Ústavu dědičných metabolických poruch 1.LF UK, budova A2, 2.patro proti výtahu.

S sebou:
Přezutí v případě špatného počasí, USB disk















!!! GSM - FREE ZONE !!!






Definitivní program:

Pondělí 30.11.2009

12:30-13:00 Úvod

13:00-14:00

Světelný mikroskop jako "convolution machine"


14:15 - 16:45 praktická část

"wide-field" systém E400
vícečetné fluorescenční značení, snímání obrazu, ukázky praktické práce se sft ImageJ

konfokální systém TE2000
měření PSF, porovnání PSF, vícečetné fluorescenční značení, xyz snímání

16:45 - 18:00

ImageJ - praktické cvičení
Ústav dědičných metabolických poruch - okružní jízda

Úterý 1.12.2009

12:30 - 14:00

Fluorescenční mikroskopie
14:15 - 16:15

demonstrace GFP transgenních linií C.elegans

konfokální systém TE2000
spektrální (λ) konfokální mikroskopie
swept-field konfokální mikroskopie

16:25 - 18:00

F neznamená vždy "fluorescence" Středa 2.12.2009

11:00 - 14:00

Dekonvoluce, 3D rekonstrukce, kolokalizace

14:15 - 16:15

konfokální systém TE2000
mikroskopie živých buněk

PC stanice s instalacemi Huygens Essential, Imaris personal a ImageJ
dekonvoluce, 3D rekonstrukce, kolokalizační analýza

16:25 - 18:00

Kritická evaluace mikroskopického systému
Jak prezentovat obrázky v publikacích, čeho se vyvarovat, praktické tipy





Seznam preparátů použitých v kurzu (PDF)

Zájemci o pdf verzi teoretických částí kurzu nechť kontaktují organizátora (jakub.sikora@lf1.cuni.cz)



Doporučená literatura a www zdroje:

  1. Nikon USA knowledge base - http://www.microscopyu.com/sitemap.html
     
  2. Olympus - theory of confocal microscopy http://www.olympusfluoview.com/theory/index.html
     
  3. Scientific Volume Imaging knowledge base - http://support.svi.nl/wiki/
     
  4. L. LANDMANN (2002) Deconvolution improves colocalization analysis of multiple fluorochromes in 3D confocal data sets more than filtering techniques. Journal of Microscopy 208 (2), 134-147.
    http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1046/j.1365-2818.2002.01068.x
     
  5. S. BOLTE, F. P. CORDELIÉRES (2006) A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy. Journal of Microscopy 224 (3), 213-232.
    http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-2818.2006.01706.x

  6. HOWARD R. PETTY: Fluorescence Microscopy: Established and Emerging Methods, Experimental Strategies, and Applications in Immunology. MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE 70:687–709 (2007)
     http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/114203663/PDFSTART
  7. Brown CM: Fluorescence microscopy--avoiding the pitfalls. J Cell Sci. 2007 May 15;120(Pt 10):1703-5
     http://jcs.biologists.org/cgi/reprint/120/10/1703