Universita Karlova v Praze
1. Lékařská fakulta a Všeobecná fakultní nemocnice
Ústav dědičných metabolických poruch
Přednosta: Doc. MUDr. Viktor Kožich, CSc.

Praktický kurz konfokální mikroskopie:
vícečetné fluorescenční značení, dekonvoluce,
kolokalizace, 3D rekonstrukce (29.11.-2.12.2010)

(PDF verze)



Back to: 







Organizátor: MUDr. Jakub Sikora, Ph.D. (jakub.sikora@lf1.cuni.cz)
Spoluorganizace: RNDr. Marie Kalbáčová, Ph.D., Ing. Filip Majer, Ph.D., Mgr. Antonín Brož, Filip Linx, Jana Sovová
Kurz se koná v prostorech Laboratoře mikroskopie Ústavu dědičných metabolických poruch 1.LF UK, budova A2, 2.patro proti výtahu.

S sebou:
Přezutí v případě špatného počasí, USB disk vhodný, plášť není nutný















!!! GSM - FREE ZONE !!!






Pondělí 29.11.2010 (Sikora, Linx)

12:30-13:00 Úvod

13:00-14:00

Světelný mikroskop jako "convolution machine"


14:15 - 16:45 praktická část

"wide-field" systém E400
vícečetné fluorescenční značení, snímání obrazu, ukázky praktické práce se sft ImageJ

konfokální systém TE2000
měření PSF, porovnání PSF, vícečetné fluorescenční značení, xyz snímání

16:45 - 18:00

ImageJ - praktické cvičení

Úterý 30.11.2010 (Sikora, Brož, Linx)

13:00 - 14:00

Fluorescenční mikroskopie
14:15 – 14:45
14:45 - 16:15

konfokální systém TE2000 – Nikon C1si + SFC
spektrální (λ) konfokální mikroskopie
swept-field konfokální mikroskopie
mikroskopie živých buněk

16:25 - 18:00

F neznamená vždy "fluorescence" Středa 1.12.2010 (Majer, Kalbáčová, Brož, Sikora)

13:00 – 13:45

Fluorescenční proteiny, in-silico ukázka klonovací strategie
(Majer)

13:50 – 15:00

Uvod do TK a transfekce
(Kalbáčová)

15:00 – 15:30

Analýza obrazu – aplikační ukázka

15:45 – 17:00

konfokální systém TE2000 – Nikon C1si + SFC
mikroskopie živých buněk

17:00 – 18:00

Mikroskopie živých buněk – praktické ukázky aplikací, diskuze

Čtvrtek 2.12.2010 (Sikora, Brož)

13:00 – 14:00

Dekonvoluce, 3D rekonstrukce, kolokalizace

14:15 – 16:15

konfokální systém TE2000 – Nikon C1si + SFC
mikroskopie živých buněk

PC stanice s instalacemi Huygens Essential, Imaris personal
dekonvoluce, 3D rekonstrukce, kolokalizační analýza

16:25 - 18:00

Kritická evaluace mikroskopického systému
Jak prezentovat obrázky v publikacích, čeho se vyvarovat, praktické tipy



Doporučená literatura a www zdroje:

  1. Nikon USA knowledge base - http://www.microscopyu.com/sitemap.html
     
  2. Olympus - theory of confocal microscopy http://www.olympusfluoview.com/theory/index.html
     
  3. Scientific Volume Imaging knowledge base - http://support.svi.nl/wiki/
     
  4. L. LANDMANN (2002) Deconvolution improves colocalization analysis of multiple fluorochromes in 3D confocal data sets more than filtering techniques. Journal of Microscopy 208 (2), 134-147.
    http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1046/j.1365-2818.2002.01068.x
     
  5. S. BOLTE, F. P. CORDELIÉRES (2006) A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy. Journal of Microscopy 224 (3), 213-232.
    http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-2818.2006.01706.x

  6. HOWARD R. PETTY: Fluorescence Microscopy: Established and Emerging Methods, Experimental Strategies, and Applications in Immunology. MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE 70:687-709 (2007)
     http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/114203663/PDFSTART

  7. Brown CM: Fluorescence microscopy--avoiding the pitfalls. J Cell Sci. 2007 May 15;120(Pt 10):1703-5
     http://jcs.biologists.org/cgi/reprint/120/10/1703

  8. Lerner JM, Zucker RM: Calibration and validation of confocal spectral imaging systems. Cytometry A. 2004 Nov;62(1):8-34
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=15468110

  9. Mattheyses AL, Simon SM, Rappoport JZ: Imaging with total internal reflection fluorescence microscopy for the cell biologist. J Cell Sci. 2010 Nov 1;123(Pt 21):3621-8
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20971701

  10. Murray JM, Appleton PL, Swedlow JR, Waters JC: Evaluating performance in three-dimensional fluorescence microscopy. J Microsc. 2007 Dec;228(Pt 3):390-405
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=18045334

  11. Weigert R, Sramkova M, Parente L, Amornphimoltham P, Masedunskas A: Intravital microscopy: a novel tool to study cell biology in living animals. Histochem Cell Biol. 2010 May;133(5):481-91
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=20372919

  12. Zucker RM, Price OT: Statistical evaluation of confocal microscopy images. Cytometry. 2001 Aug 1;44(4):295-308
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Citation&list_uids=11500846

                                                                                            

Mikroskopické zařízení použité pro kurz bylo částečně pořízeno v rámci projektu „Výzkumné laboratoře buněčné biologie a metabolomiky” z Operačního programu Praha – Konkurenceschopnost.

Evropský fond pro regionální rozvoj
Praha a EU – Investujeme do vaší budoucnosti