Teoretický uživatelský (ÚDMP) kurz mikroskopie: dekonvoluce, kolokalizace, 3D rekonstrukce (19-21.5.2008)

(PDF verze)



Organizátor: MUDr. Jakub Sikora, Ph.D.
Místo konání: Seminární místnosti KDDL, budova C, 3. patro, Ke Karlovu 2.
e-mail: jakub.sikora@lf1.cuni.cz
skype: dr.jakub.sikora
www: http://udmp.lf1.cuni.cz/web2/facility/microscope/microscopy.htm, http://udmp.lf1.cuni.cz/
telefon: 224967031


Program:

Pondělí 19.5.
15:30-16:00 Úvod
16:00-17:00
Světelný mikroskop jako "convolution machine"
  • numerická apertura (NA)
  • point spread function (PSF)
  • existuje limit rozlišení?
  • excitace, emise, selekce
  • detekce fluorescenčního signálu v optické mikroskopii (PMT, CCD)
17:10 - 18:00
Laboratoř mikroskopie ÚDMP - demonstrace zařízení, provoz - :-(
Úterý 20.5.
15:30 - 17:00
Fluorescenční mikroskopie
  • fluorescence a fluorescenční značky, fluorescenční proteiny
  • wide-field vs. konfokální mikroskopie
  • multi-photon konfokální mikroskopie
  • 4-pí a STED mikroskopie
17:10 - 18:00
F neznamená vždy "fluorescence"
  • FRET, FLIM
  • FRAP
  • TIRF
Středa 21.5.
16:00 - 17:15
Dekonvoluce, 3D rekonstrukce, kolokalizace
17:20 - 18:00
Kritická evaluace mikroskopického systému
Jak prezentovat obrázky v publikacích, čeho se vyvarovat, praktické tipy



Doporučená literatura a www zdroje:
  1. Nikon USA knowledge base - http://www.microscopyu.com/sitemap.html
  2. Olympus - theory of confocal microscopy - http://www.olympusfluoview.com/theory/index.html
  3. Scientific Volume Imaging knowledge base - http://support.svi.nl/wiki/
  4. L. LANDMANN (2002) Deconvolution improves colocalization analysis of multiple fluorochromes in 3D confocal data sets more than filtering techniques. Journal of Microscopy 208 (2), 134-147. http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1046/j.1365-2818.2002.01068.x
  5. S. BOLTE, F. P. CORDELIÉRES (2006) A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy. Journal of Microscopy 224 (3), 213-232. http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1365-2818.2006.01706.x
  6. HOWARD R. PETTY: Fluorescence Microscopy: Established and Emerging Methods, Experimental Strategies, and Applications in Immunology. MICROSCOPY RESEARCH AND TECHNIQUE 70:687-709 (2007) http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/114203663/PDFSTART
  7. Brown CM: Fluorescence microscopy--avoiding the pitfalls. J Cell Sci. 2007 May 15;120(Pt 10):1703-5 http://jcs.biologists.org/cgi/reprint/120/10/1703
  8. Murray, J.M., Appleton, P.L., Swedlow, J.R. & Waters, J.C. Evaluating performance in three-dimensional fluorescence microscopy. J. Microsc. 228, 390-405 (2007).
  9. Petty, H.R. Fluorescence microscopy: established and emerging methods, experimental strategies, and applications in immunology. Microsc. Res. Tech. 70, 687-709 (2007).

Mikroskopická literatura na ÚDMP (!!některé osobní JS!!):

  1. Periasami, A. - Day, R.N. Molecular Imaging - FRET Microscopy and Spectrocsopy (2005) Oxford University Press (http://www.the-aps.org/publications/books/methods.htm)
  2. Goldmann, R.D. - Spector, D.L. Live Cell Imaging - A Laboratory Manual (2005) Cold Spring Harbor Laboratory Press (http://www.cshlpress.com/default.tpl?cart=12099882841499830&fromlink=T&lamp;inkaction=full&lamp;inksortby=oop_title&--eqSKUdatarq=462)
  3. Methods in Cell Biology - Cellular Electron Microscopy, (volume 79, 2007), edited by McIntosh, J.R., Elsevier (http://www.elsevier.com/wps/find/bookdescription.cws_home/710742/description#description)
  4. Methods in Cell Biology - Digital Microscopy (3rd edition) (volume 81, 2007), edited by Sluder, G., Wolf, D.E. Elsevier (http://www.elsevier.com/wps/find/bookdescription.cws_home/711668/description#description)
  5. Kohen E. et al. Atlas of Cell Organelles Fluorescence (2004), CRC Press (http://www.crcpress.com/shopping_cart/products/product_detail.asp?sku=1440&isbn=9780849314407&parent_id=&pc