Back to: 

Doporučení pro práci s mikroskopy na ÚDMP (převážně TE2000 s C1si)    

Jakub Sikora (02_03/2006)

S ohledem na zásadní proměnu mikroskopického systému s možností konfokálního zobrazení je nutné zpřesnit doposud platné provozní "gentlemanské" dohody. Cílem je, zajistit co nejširší prostupnost systému a maximálně efektivizovat provoz mikroskopu. Mikroskopický systém této kategorie má mnoho technických aspektů, které nemusí být na první uživatelský pohled jasně zřejmé. Kupní smlouvou garantovaná servisní doba je 14 dnů od nahlášení. Nejlépe je, dle mého názoru, servisním zásahům předejít.

Samoobslužná znalost užívání standardního setupu TE2000 s C1si zahrnuje

•   znalost zapínání a vypínání všech komponent systému
•   spolehlivé ovládání motorizovaných komponent TE2000
•   použití a porozumění sestavám epifluorescenčních BP bloků, BP filtrů v PMT detector boxu, sestavě primárních dichroických zrcadel a beam splitterů ve skenovací hlavě
•   správné použití laserů včetně nastavování jejich výkonu
•   správné použití objektivů se zvláštním důrazem na prevenci jejich poškození
•   správná korekce sampling density obrazu dle Nyquista, odhalení a korekce a spektrálního cross-talk
•   znalost a pochopení použití variabilní velikosti pinhole a pixel-dwell time laseru
•   znalost práce se základními mody C1si (average, channel series, Z-stack, time series)
•   ovládání kamery DS-U1 a práce sft Lucia Imaging
•   základní úroveň znalosti práce se spektrální modalitou C1si není v tuto chvíli jednoduché definovat, proto je vždy vhodné pracovat s asistencí technika či správce

Zmíněné body by "měly" zajistit uživateli přehled o jeho vlastní samoobslužnosti a do jisté míry garantovat uživatelskou gramotnost chránící systém před zbytečným poškozením. Nemůžeme, než předpokládat dostatečnou míru autocenzury ze strany uživatelů s ohledem na jejich vlastní data a systém jako celek. Technik (viz níže) je k dispozici všem uživatelům, samoobslužnost uživatele je věcí vzájemné dohody a je v zásadě vítána.

Správce (JS event. RD)

•   zajišťuje pokud možno plynulý chod systému
•   manipuluje s mikroskopem v celém jeho hardwareovém i softwareovém rozsahu
•   vytváří uživatelské profily TE2000 a EZ C1si
•   spravuje obecně dostupnou databázi PSF
•   poskytuje hlubší technické informace o systému
•   konzultuje experimentální design včetně analýzy dat (při zájmu uživatele)

Technik mikroskopů (FL):

viz. Náplň technika

•   RESPEKTUJE POŽADAVKY UŽIVATELŮ PŘI POŘIZOVÁNÍ DAT POKUD ZÁSADNĚ NEINTERFERUJÍ S PROVOZEM SYSTÉMU
•   POSKYTUJE VLASTNÍ KONZULTAČNÍ NÁZOR, KTERÝ VŠAK BEZVÝHRADNĚ NEUPLATŇUJE
•   SDĚLUJE A VYSVĚTLUJE UŽIVATELUM BEZ VÝZVY VŠECHNY PARAMETRY POŘIZOVANÝCH DAT.

Uživatel

•   JE ZODPOVĚDNÝ ZA VLASTNÍ DATA
•   používá přidělený účet (login a heslo), nepracuje na systému bez zápisu do časového rozvrhu (byť zpětného)
•   k rezervaci pracovního času využívá výhradně www rozhraní
•   přesuny rezervovaného času řeší uživatelé mezi sebou, nikoliv prostřednictvím správce či technika
•   respektuje rozsahem vlastních rezervací ostatní uživatele včetně nepřítomnosti technika, změny a přesuny rezervací sou prováděny (správce/technik) pouze po dohodě s uživatelem, nebudou prováděny bez vědomí uživatele
•   nemanipuluje s hardwarovou sestavou mikroskopu bez předchozí dohody a instruktáže správcem či technikem.
•   uživatelé nemění jiné než vlastní softwarové a hardwareové profily
•   uživatelé spravují dle vlastního uvážení přidělený uživatelský diskový prostor na počítači KONFOKALC1si (obsah diskového prostoru není průběžně zálohován)
•   na výzvu správce/technika odstraňují v uvedeném termínu data z diskového prostoru
•   respektují přenos dat směrem z počítače nikoliv opačně
•   respektují doporučení technika, v případě zásadní neshody s názorem technika řeší problém nejdříve se správcem
•   základní zaškolení nově registrovaného uživatele provádí pouze správce/technik mikroskopu, další zkušenosti s obsluhou si samozřejmě mohou uživatelé předat mezi sebou
•   veškeré problémy funkce systému (včetně softwareových) sdělují okamžitě technikovi či správci

Další

•   Do budoucna je třeba vyřešit otázku provozu systému při pozorováni vzorků za kultivačních podmínek (teplota, CO2). Kultivační box vyžaduje nejméně 24 hodinovou ekvilibraci. S ohledem na takový typ experimentu je třeba koordinovat práci prostřednictvím technika či správce, nelze vyloučit nutnost víkendové či noční práce.
•   Mikroskop Nikon Eclipse E400 s CCD kamerou je určen k optimalizačním experimentům, není žádoucí optimalizaci protokolů barvení provádět na "velkém systému". Rezervace je výhradně přes www rozhraní.
•   Znovu bychom rádi vyzvali všechny uživatele, aby kopii publikací citujících v metodách starší (C1), či tento mikroskopický systém (TE2000 C1si) poskytovali správci, z důvodu monitorování výstupů nemalé finanční investice.

!!POZOR KONTROVERZNÍ!!

Mikroskopie a image analysis představují komplexní oblast, kterou není zcela jednoduché, byť v omezené míře, obsáhnout. Mikroskopii (hlavně TE2000 s C1si) na ÚDMP lze považovat za "micro core facility" zajišťující servis v celém rozsahu včetně experimentálního designu, vyhodnocováni a interpretace dat, pokud bude vyžadován. Problém intelektuální kontribuce a spoluautorství byl mnohokrát řešen a existují obecně přijaté normy spoluautorství a technické pomoci (viz. http://pareonline.net/getvn.asp?v=5&n=1). Chtěl bych proto všechny uživatele požádat o citlivé zvážení této otázky. Téma to není jednoduché, jelikož jej nemají uspokojivě vyřešeno ani daleko větší "core-facility based" instituce kalibru Max-Planck ústavů (osobní komunikace).

Rád bych předeslal, že tahle poznámka by neměla být chápána jako požadavek spoluautorství na základě pořízení obrázku.

Za minimální, resp. výchozí nutno považovat "worth acknowledging" o použití přístroje a publikace obsahující takovou referenci deponovat u správce mikroskopu.