Skupina se zabývá komplexním vývojem a aplikacemi technologie DNA čipů. Součástí projektu je vývoj nových metod pro přípravu a charakterizaci cDNA knihoven jako zdroje pro DNA čipy, vývoj nových metod imobilizae DNA na pevném povrchu a vývoj robotických systémů pro přípravu DNA čipů. Předpokládány jsou aplikace pro studium pathogeneze dědičných metabolických onemocnění a technologie paralelní detekce mutací a polymorfismů.

Skupina je součástí Centra integrované genomiky (projekt LN00A079 MŠMT), jehož cílem je propojení výzkumných skupin rozvíjejících různé obory genomiky – zejména se skupinou Prof. V. Pačesa (UMG ČsAV) sekvenování a RNDr. Jiřího Forejta – transgenní modely, se skupinou proteomickou (Bezouška, Novák) a krystalografickou (Brynda, Sedláček).

 

Metodiky – kompletní systém pro přípravu a aplikaci DNA čipů

 

příprava a charakterizace cDNA, gDNA knihoven

sekvenování DNA (2* ALFExpress)

imobilizace amino-modifikované DNA na sklo (poly-n-lysin, epoxysilan)

robotická příprava DNA čipů (GeneSurfer), GeneAge Technologies, 1000 prob/cm2 , proby – DNA, oligonukleotidy)

příprava flurescenčně značené cDNA, gDNA

hybridizace malých objemů

analýza hybridizace – laserový scanner GeneTacIVL (genomic Solutions), Cy3, Cy5, rozlišení 5 mm